Alibey Adası’nın bugünkü ismi, Kurtuluş Savaşı’nda padişahın ‘Yunanlılara teslim olun’ emrine karşı gelerek silahlı mücadeleye başlayan ilk birliğin kumandanı Yarbay Ali Çetinkaya’ya ithaftır. Ada daha önce Cunda ve Moshonisia (Kokuluada) isimleriyle tanınıyordu. Piri Reis’in Kitab-ı Bahriyesi’nde bahsettiği Yund Adalarının bu bölgeye ait olduğu tahmin edilmektedir.
Alibey Adası doğal güzellikleri ve tarihi yapıları nedeniyle koruma altına alınmış ve 1976 yılında Ayvalık ve çevresindeki 17.900 hektarlık alan doğal ve tarihi sit alanı olarak kabul edilmiştir. Alibey Adası’nda mübadele öncesinden, Rum Ortodoks cemaatinden kalma birçok kilise ve manastır mevcuttur. Bu yapıların koruma altına alınması ancak Alibey Adası’nın tanınması ve restorasyon için sermaye aktaracak sponsorların adada mülk satınalmaları ile mümkün olabilmiştir. Son olarak ‘Aşıklar Tepesi’ olarak bilinen mevkiide bulunan değirmenin restorasyonu 2006 yılında tamamlanmış ve ziyarete açılmıştır. Adada, halen restorasyon için sponsor bekleyen pek çok tarihi eser bulunmaktadır.
Adadaki tarihi binalardan bazıları aşağıdaki gibidir
* Çamlı Manastır/Taksiyarhis Ta Çamya : Ada merkezinden yaya olarak ve Patriça yolundaki Ekşi Çeşme’nin solundaki yol izlenerek yarım saatte varılabilir
* Koruyan Meryem Manastırı/ Panagias Tis Lekai :Ayvalık Dalyan Boğazından çıkışta sağda zeytin ağaçlarının arasından gözüken boğaza hakim manzaralı restore edilmiş özel mülk
* Ay Işığı Manastırı/ Ai Dimitri Ta Salina : Patriça 2. köyden yürüyüşle 45 dakika mesafededir
* Ayos Apostolos Manastırı/ Adaya giderken köprüyü geçtiğinizde soldaki sahil yoluna saptığınızda 500 metre mesafe sonra sağ yukarıdaki küçük tepeciktedir
* Tavuk Adası Manastırı / Ayiu Ionnu Tu Podromu : Alibey Adası’nın karşısındaki Tavuk Adası üzerinde inşa edilmiştir
* Güvercin Adası Manastırı / Ai Yorgi : Pateriça Körfezinin ortasında, andezitten oluşmuş küçük bir adanın üzerinde inşa edilmiştir
* İlyas Peygamber Manastırı / Profit İliya : Köprünün Ada’ya giriş yönünde 200 metre sonra deniz tarafındadır; temel kalıntılarından az miktarı geriye kalmıştır.
* Kızlar Manastırı / Evangelistriya
Cunda Adası, tarihi yapıları ve balık restoranları ile ayvalığın gözbebeğidir.